陈繁昌教授於2009年9月1日出任香港科技大学第三任校长。在陈校长的领导下，科大的全球知名度显着上升，成就深受认同并得到国际媒体的广泛报导。同时，科大与世界多间知名学术机构建立战略合作夥伴关系，校长并获邀出席大型国际活动，如每年在达沃斯举办的世界经济论坛。 科大的全球排名在陈校长的领导下亦不断进步 － 科大目前位列 (QS) 世界排名第36位及亚洲排名第四位丶（QS＆THE）全球年轻大学前3位和（THE）全球大学就业能力排名第13位。 在陈校长任内，大学本科课程从三年制顺利过渡到四年制，当中重要的改变包括开展大学核心课程和学院制收生。最近的大学教育资助委员会「2014年研究评审工作」报告，科大有70% 的研究项目达「世界领先」水平或「国际卓越」水平，是香港八所教资会资助院校之冠。陈校长还倡导在教学上使用新的技术，使科大成为亚洲第一所大学在全球两大网上学习平台Coursera和edX提供「大规模开放在线课程MOOCs」。陈校长策划并筹募经费，令几个重大基础设施项目相继建成或落实筹建，为实现大学学术研究和任务提供重要设施 － 项目包括三座主要学术楼丶一座会议大楼丶研究生宿舍楼和设有1000个座位的多用途礼堂。「科大冠名教授席计划」的教席亦从2012年设立时的9席增加至现时的30多席。

在加入香港科技大学之前，陈校长於2006年至2009年期间，为美国国家科学基金委员会助理会长，掌管数学及自然科学部。这是基金属下八个学术部门中最大的部门。陈校长负责统筹及管理部门的科研经费，范围涵盖天文丶物理丶化学丶数学丶材料科学以及跨学科活动。他在美国加州理工大学取得理学士和理学硕士（均为工程学）学位，并於史丹福大学取得哲学博士（计算机科学）学位。之後，他在加州理工大学担任应用数学研究员，并在耶鲁大学教授计算机科学。他於1986年加入加州大学洛杉矶分校为数学系教授，1997年晋升为数学系主任，并於2001年至2006年期间出任该校的自然科学学院院长。陈校长曾以首席研究员身分，向美国国家科学基金成功建议在加州大学洛杉矶分校成立国家纯数及应用数学研究所，旨在将数学科学与一般科学和工程学科结合研究。2000年至2001年间，他出任该研究所主任。

陈校长是美国国家工程院院士丶美国电机及电子工程师学会院士丶美国工业及应用数学学会院士丶美国科学促进会院士和美国数学学会会员。陈校长也是多个数学和运算学期刊的编辑委员会成员；这些期刊包括《工业及应用数学学会评论》丶《工业及应用数学学会科学运算学学报》及《亚洲数学学报》。此外，他也是德国《Numerische Mathematik学报》的三位总编辑之一。他参与撰写建议书，成功倡议成立《工业及应用数学学会造像科学学报》，并成为创刊编辑委员会成员至2012年。

陈校长是沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科技大学（KAUST）董事会成员丶韩国科学技术院（KAIST）校长谘询委员会委员丶奥地利维也纳大学科学顾问委员会委员丶上海交通大学世界大学学术排名 (ARWU) 国际顾问委员会委员丶俄罗斯Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech) 董事会成员, 日本RIKEN Advisory Council (RAC) 顾问委员会委员和美国百人会会员。陈校长也是港科院创院院士丶香港科学会主席丶香港工程科学院院士和香港特别行政区政府创新及科技谘询委员会委员。陈校长於2012至2013年间担任邵逸夫数学科学奖遴选委员会委员。他是巴西里约热内卢国际数学家大会2018 (ICM 2018) 奈望林纳奖 (Nevanlinna Prize) 评审委员会主席。他於2015年获英国思克莱德大学颁授荣誉博士学位。

陈校长的研究范畴包括数学造影处理及计算机视像丶大规模整合物理设计，以及运算大脑制图。他出版了超过200份被推荐的学术论文，曾是世界上最常被引述的其中一位数学家。他曾指导过35位博士生及25位博士後研究员。